Нагорные пастбища Илийской долины издавна привлекали кочевые народы. Название «Кульджа» впервые появляется ещё в эпоху Тюркского каганата.


Когда уйгурские племена во главе с Пен Текином, ушедшие на запад, то с ними ушла и часть племени Яглакар, входившие в уйгурский племеннной союз.
Чагатай, сын Чингисхана, разместил здесь столицу своих владений. Под власть Пекина эти земли перешли после вооружённого столкновения с джунгарами в 1755-57 гг.
C распространением российского влияния в Семиречье в середине XIX в. Кульджа становится важным центр торговли между Россией и Китаем. В 1851 г. здесь был подписан договор, узаконивший торговлю между подданными двух империй в этом регионе.
Город подвергся значительному разрушению в 1864-66 гг. во время уйгуро-дунганского восстания. Кульджа, и весь Илийский край был занят российскими войсками в 1871 г.; возвращен Китаю в 1881 г., после чего многие илийские уйгуры (около 45 тыс. чел) и дунгане (около 4,6 тыс.) переселились в российские владения (нынешний юго-восточный Казахстан и северная Киргизия).
В русской литературе XIX в. город Кульджа (Инин) иногда появляется под названием «старая Кульджа» или «таранчинская Кульджа», тогда как город Суйдин (кит. 绥定; часто встречалось также написание Суйдун), расположенный в 40 км к северо-западу, именовался «новая Кульджа» или «китайская Кульджа». В тот период «таранчинская Кульджа» (то есть город таранчей — уйгуров) был центром торговли, а «китайская Кульджа», основанная в 1762 г. и расположенная ближе к границе — крепостью и центром китайской администрации в регионе.
В 1965 г. Суйдин был переименован, получив более политически приемлемое название Шуйдин (水定), с 水 (вода) вместо 绥 (усмирять). В настоящее время Шуйдин является центром соседнего уезда Хуочэн (霍城县).
Население
Административно город Кульджа и окружающая территория (общей площадью 521 кв. км) образуют «город уездного уровня», с общим населением 370 тыс. человек (2002 г.) Основная часть населения — уйгуры,казахи, хотя с каждым годом усиливается приток этнических китайцев с востока страны. В окрестностях города — поселения маньчжуров (сибо) и монгол, которые занимаются скотоводством. На протяжении 19-20 вв. в Кульдже было сильно влияние татарской интеллигенции и купцов, которые покинули Российскую империю в связи с Октябрьской революцией 1917 г. По некорым данным до трети населения города в первой половине 20 в. составляли татары. Татары создали и первую новометодную школу в Кульдже, которая впоследствии стала предтечей казахской, киргизской и уйгурской школ.